Значні масштаби придбало хімічне і бактеріологічне забруднення поверхневих вод. За показниками забруднення пестицидами, органічними сполуками, фенолами і нафтопродуктами нормам господарсько-питного водопостачання не відповідає більшість річкових вод.

Водним кодексом України передбачено віднесення земель прибережних захисних смуг до категорії земель водного фонду, з встановленням відповідного водоохоронного статусу і особливого, регламентованого користування. Але і досі землі прибережних захисних смуг не відведені. У багатьох районах вони відводяться під різні забудови, і передусім під дачне будівництво. Наприклад, Київською міськрадою під нього відведені ділянки прибережної смуги на лівому березі Дніпра, і Київською обласною радою на правому (від пансіонату  "Жовтень" до Українки). Прибережні смуги малих рік Совка, Нивка, Либідь і ін. є звалищами сміття. Тут засипають русла рік і будують приватні гаражі.

Оскільки майже всі водотоки і внутрішні водойми міста не мають прибережних водоохоронних смуг, наявність яких вимагається діючими державними нормативами, дно водойм дуже замулене.  Донні відклади фактично є неорганізованими звалищами шкідливих речовин. Русла та береги річок і водойм міста захаращені гіллям, відпрацьованими автомобільними шинами, побутовими відходами.

Проблема створення водоохоронних зон та прибережних захисних смуг водойм міста набуває зараз особливої актуальності в зв'язку із загальним погіршенням стану цих водойм і обмеженістю коштів на їх утримання. Так, особливо в несприятливому стані перебувають каскад Совських ставків, озера житлового масиву Оболонь, система Горіховатських ставків у Голосієві, ставки селища Шевченкове та ін.

За даними державного комунального підприємства з охорони, утримання і експлуатації внутрішніх водоймищ Києва (ГКП) "Плесо", з 400 внутрішніх водойм і водотоків столиці землеоблаштовані лише на  49 %. На деяких водоймищах міста склалися аварійні ситуації зокрема, на ставку річки Горенки (Водиця) зруйнована гребля з пропускним пристроєм; річка Дарниця переповнена стічними водами і відходами підприємств, що призвело до підйому рівня грунтових вод в районі Старої Дарниці; озера Вирлиця (Харківський район) схеми 6.3 6.4 6.2 і Алмазне (Ватутінський район) знаходяться під впливом інженерних комунікацій. Вимагає вирішення проблема водозниження Лівобережжя Києва.

Зарегулювання стоку Дніпра спричинило різке сповільнення течії, погіршення умов перемішування стічних вод з річковими і їх самоочистки, а також порушення санітарних умов водокористування.

Сьогодні міські водойми і водотоки перетворені в водні об"єкти переважно зливового живлення, тому якість їх вод в значній мірі залежить від якісного складу поверхневого стоку, який достатньо не досліджений, мінливий і, при відсутності очистки, може призвести до непередбачених санітарно-епідемічних ситуацій.

Серед найбільш забруднених водойм в місті вже довгий час поряд з р. Либідь виділяються р. Нивка (вміст таких забруднювачів як БСК, ХСК, нафтопродукти становить відповідно 3.5, 3.6, 24 ГДК), а також струмок Сирецький, озеро Опечінь.(схеми  6.2  6.3   6.4 )

Як свідчать результати аналізів стану Канівського водосховища ( р. Дніпро) в районі міста вода зазнає значного забруднення. Чітко це простежується на створах в районі впадання річки Либідь та розсіючого водовипуску Бортницької станції аерації. Вжиття заходів щодо зменшення такого забруднення особливо актуальне тому, що річка Дніпро є джерелом водопостачання близько 30 млн. жителів України.

Необгрунтоване і нерегульоване порушення водообміну на території Києва призводить до розвитку негативних геологічних і інших природно-техногенних процесів. Так, з недооцінкою властивостей намивних супіщаних грунтів пов'язаний катастрофічний сель 13 березня 1961 р., коли після прориву греблі по тальвегу Бабиного Яру на Поділ ринула грязьова маса об'ємом понад 700 тис. м3. У липні 1997 р. активізувався зсув на вулиці Кудрявській.